Il existe des animaux étranges ayant le pouvoir d'exauser un voeux. N'importe lequels. A conditions de mener une vie de combats avec des sorcières. Née de la détresses des humains et des pulla magi, elles sont responsables de malédictions comme des meurtres ou des suicides. Madoka Kaname est au collège, très amie avec Sayaka Miki et Hitomi Shizuki, jusqu'au jour où elle rencontre Kyubey, un des petits animaux. Mais il se trouve que les filles se rendent compte que Kyubey leurs ments.